可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉，管辖法院应该是区或者县人民法院。
拖欠工程款属于民事纠纷，清欠办只负责农民工工资，所以应该在应付工程款之日起两年内到法院起诉。凭借欠条可以直接起诉建设单位，但是应当尽可能提供施工合同，竣工结算文件。
起诉时尽量申请财产保全，查封被告名下账户，可以保障案件判决的顺利执行。
